Wenn in Überschwemmungsgebieten auch die Abwassersysteme überflutet sind, können Helfer und Betroffene mit verunreinigtem Wasser in Kontakt kommen, das Erreger für Magen-Darm-Erkrankungen und Hepatitis A-Viren enthalten kann. Hygienemaßnahmen und Impfungen helfen in Hochwassergebieten, das Infektionsrisiko zu reduzieren.

Rückblickend gab es bei Überschwemmungen in Deutschland bislang noch keine außergewöhnlichen Ausbrüche von Infektionskrankheiten. Dennoch rät das Robert Koch-Institut in stark betroffenen Gebieten zu folgenden Vorsichtsmaßnahmen:
Bei Aufräumarbeiten in Häusern und Gärten kann es zu intensivem Kontakt mit durch Fäkalien verunreinigtem Wasser kommen. Vor Krankheiten schützen Gummistiefel, wasserdichte Handschuhe und wasserabweisende Kleidung sowie eine gute Händehygiene vor dem Essen oder Rauchen. Zudem ist es wichtig, nur Trinkwasser und Lebensmittel zu verzehren, die sauber und nicht mit Überschwemmungswasser in Kontakt gekommen sind. Es kann sein, dass von den Behörden dazu aufgerufen wird, Leitungswasser vor der Verwendung abzukochen.
Eigene Brunnenanlagen sollten nach einer Überschwemmung erst wieder in Betrieb genommen werden, wenn sie vom zuständigen Gesundheitsamt geprüft und freigegeben wurden. Wasser aus Teichen und Bächen kann noch viele Wochen nach der Überschwemmung für die Bewässerung von Obst und Gemüse ungeeignet sein. Ebenso sollten Kinder nicht in Überschwemmungswasser spielen.
Da die Verletzungsgefahr bei den Aufräumarbeiten erhöht ist, wird zu einer (Auffrischungs-)Impfung gegen Tetanus geraten. Auch eine Impfung gegen Covid-19 ist ratsam, da es in Notsituation zu mehr engen Kontakten mit anderen Menschen kommt. Eine Impfung gegen Hepatitis A ist dagegen nicht unbedingt erforderlich, kann aber sinnvoll sein, wenn sauberes Wasser zum Trinken und Waschen nicht verfügbar ist. Normalerweise wird bei planbaren Impfungen zu einem Mindestabstand von 14 Tagen geraten. Für Notfallimpfungen gilt dies jedoch nicht.
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